Historia
El primer Santuario de la Virgen de San Juan fue una ermita o pequeña capilla de paredes de adobe y techo de paja a un costado del hospital. Allí fue colocada la imagen dejada por los misioneros franciscanos en 1545 cuando llegaron a estas tierras anunciando la Buena Nueva del Evangelio de Jesucristo. La imagen de la Virgen de San Juan no era la imagen titular de la capilla, sino Juan Bautista. Con el paso de los años la pequeña imagen de la Virgen se fue deteriorando a causa del viento, sol, humedad y trato no delicado como correspondía a una escultura hecha de pasta de caña de maíz por los artesanos de Michoacán.
La imagen de la Inmaculada Concepción regalada por Fray Miguel de Bolonia, y después guardada en la sacristía porque se había deteriorado con el tiempo-, fue adquiriendo fama a partir de 1623, fecha del primer milagro. Pasando por este pueblo, camino real para Guadalajara, un cirquero estuvo cuatro o cinco días en compañía de su mujer y dos hijas a quienes enseñaba a volar y hacer pruebas sobre puntas de espadas para ejercitar en Guadalajara su oficio. En una de estas pruebas resbaló una de las hijas, y cayendo sobre las puntas de las espadas, se mató
El asombro fue grande, y profunda la pena de sus padres. Amortajada la muchacha, la colocaron en la capilla para enterrarla. Juntándose muchos indígenas para el entierro y viendo tan sentidos a sus padres por el fracaso, una anciana llamada Ana Lucia, que entonces sería de ochenta años, les dijo, que se consolaran, que la CIHUAPILLI (que quiere decir la «gran señora» en lengua de los nativos) le daría vida a la niña. Entraron en la sacristía y de entre las imágenes tomaron a la Virgen de San Juan y la colocaron sobre el cuerpo sin vida de la niña difunta con toda fe y resolución. Después de unos momentos los presentes vieron moverse la niña. Cortaron a toda prisa las ligaduras de la mortaja, y la que estaba difunta, al punto se levantó buena y sana. Preguntándole a Ana Lucia qué Imagen era aquella tan prodigiosa, dijo: Que siendo su marido sacristán de aquel Hospital, ella madrugaba a barrerlo todos los días, y que cuando ella iba, ya esta Imagen estaba en la peana del altar, peana puesta por sí por los Angeles, y que ella la tomaba y la volvía a la Sacristía.
